Итак, подрыв детонацией не годится, ибо через стены и двери она не происходит, а в остальных случаях бой запускается от близкого взрыва промежуточного заряда. Незаметный вброс гранаты из-за расположения индейцев возможен только со стороны железной дороги.
Стал пробовать место у стены и насыпь (можно подниматься, если понемногу) - бой стартует в момент отрыва гранаты от руки даже при отсутствии прямой видимости обеих целей и при вбросе через не разбитое окно. Но индейцы видеть не должны вроде.
Ставлю ГГ по другую сторону от состава, там точно не может видеть никто. Из-за низкого навыка метания попасть в окно довольно сложно. Из-за этого и замечаю интересную вещь. Броски, не представляющие опасности (не взведенные, но точно летящие гранаты или летящие мимо хоть взведенные, хоть нет) бой не активируют. Взведенная граната, летящая точно в окно, активирует бой в момент отрыва от руки.
Это напомнило мне уже знакомую по другим играм ситуацию - видимо обсчет попадания производится именно в момент визуального отрыва гранаты от руки, а дальше - только (или почти только) отрисовка. Отсюда вопрос - может по этой причине алгоритм "тихого убийства" странно работает? Ну, к примеру, - алгоритм считает моментом смерти цели момент расчета броска и соответственно проверяет условие (видит ли кто-то цель) в этот момент, а наблюдателей считает живыми, так как их смерть не отрисована. Тогда конечно, в момент броска наблюдатель уже "видит" смерть цели и активирует бой.
С выстрелом вместо метания все не так заметно, но, полагаю, каждый без труда припомнит, что бой тоже активируется не в момент попадания, а в момент выстрела.
Сейвы не делал, но, если все это таки ошибка, а не неизбежные ограничения движка, смогу воспроизвести.

Широко известно нижеследующее (под спойлером) описание условий "тихого" убийства. Однако, пощупав наконец вопрос более или менее внимательно, возьмусь утверждать, что оно на данный момент неверно в корне.

"Доктор в КК. После атаки этого докторишки вызывается SetSilentDeathCheckForGuards
Это означает (правда, есть небольшая разница в оригинале и в патчах, начиная с 1.01):
- Если жертва жива и есть гварды, либо патруль
- Если гварды (или патруль, далее не буду указывать) могут видеть кого-либо из команды игрока
- или если гварды видят жертву (доктора)
- или если гварды слышали звук, производимый кем-либо из команды (за последние 3 секунды)
То гварды обижаются. Проверяется видимость/слышимость каждые три секунды вплоть до смерти жертвы, или выхода нас из локации.
Итого - выключать/не выключать свет - дело религии. Но да, выключенный свет - меньше шансов, что увидят вашего бойца, или жертву. Видит ли вашего бойца жертва - не важно. С первой/второй пули - не важно. Время суток - не важно. Сколько времени прошло с квеста и был ли он вообще выдан - не важно.
С Нуньесом - то же самое, но на него "смотрят" индейцы, Кастиго и Перес. Надо чтобы именно они не видели/слышали никого из ваших бойцов и жертву.
Если ли какая доп. логика на "тихие" убийства в коде игры - я не знаю, но сильно сомневаюсь в их наличии.
===========
Первая-вторая пуля - не важно однозначно.
В квестах никак не считается, сколько там "пуль" выпущено. Да хоть гранатой его убивай, после того как он станет врагом. В принципе, из-за трехсекундной задержки возможен такой фокус - зацеливаем дохтора, взводим гранату, он обижается, кидаем гранату. Если она взорвется и грохнет дохтора менее чем через три секунды после того, как он обидился - это тоже будет считаться тихим убийством
Но гварды могут среагировать на звук "стреляющего", если дохтор еще не сдох. Не знаю, может, звук падающей гильзы такой громкий? Или там звук затвора есть?"

Примечание: все опыты проводил с Кастиго (далее именую "НПС", ну и как только еще в голову придет) и в одиночку (видимость/слышимость наемников не проверял), так что если для разных квестов или разных НПС условия "тихого" убийства разные, мои наблюдения могут не быть универсальными. UPD: в частности, с доктором было немного по-другому, после устранения солдата работали атаки со спины и из темноты с улицы.

Итак, основной вывод - видят ли и слышат ли ГГ жертва и другие НПС, если и имеет значение, то трудно определяемое и второстепенное, а определяющее значение имеют тип атаки и дистанция до цели (либо, как альтернатива дистанции - глухая преграда, именно глухая - не забор или предмет, а стена или дверь помещения, когда цель внутри/ГГ снаружи или наоборот).

Касаемо дистанции выяснилось, что у НПС есть зона, так сказать, повышенной тревожности радиусом примерно 8 метров.
В пределах этой зоны НПС реагирует на любые потенциально опасные действия. При этом не вызывают беспокойства (немедленного) только роняние и бросание (любым способом) не взведенных гранат. Взятие оружия наизготовку, стрельба мимо НПС влечет сначала предупреждения (типа "убери оружие!"), а если продолжать - бой. Стрельба в НПС (собственно стрельба, то есть не само попадание, а выстрел, который повлечет попадание; далее применительно к атакам буду именовать "потенциально опасные"), потенциально опасное метание ножей и взведенных гранат (в том числе напрямую из кармана или роняние), удары ножом/штыком, установка взрывчатки - немедленный бой, причем те из перечисленных атак, которые возможны из положения вне зоны видимости и слышимости (как метание гранат издалека через окно или ножей со спины), все равно активируют бой при условии "потенциальной опасности". Единственное, что позволяет НПС - одну атаку кулаками - отвечает тем же без начала боя (тут допускаю, что от урона зависит, моя ГГ не сильная и с малой рукопашкой, а как читами поднять то и другое, не разобрался).
К действиям за пределами этой зоны (опять-таки вне зависимости от видимости/слышимости) НПС начинает относиться более спокойно: никакой реакции на поднятие оружия и стрельбу мимо, на роняние взведенных гранат и установку взрывчатки (в т.ч. потенциально опасные). Такой же эффект от глухой стены. Потенциально опасные стрельба, метание ножей и взведенных гранат вызывают тот же эффект, что и вблизи.
Дальнейшее увеличение дистанции (насколько позволила карта и расстановка НПС) никаких изменений реакции не дает.

Теперь о конкретных утверждениях о SetSilentDeathCheckForGuards.
3 секунды не смог нащупать ни в какой форме. Бой если уж начинается, то сразу после атаки. Жертва и другие НПС агрятся всегда одновременно. Описанного промежуточного варианта (краткий бой отдельно с жертвой) воспроизвести не удалось.
Про видимость/слышимость жертвой/другими НПС проверял так: отволок Кастиго в другое помещение (левее и выше на миникарте), там закрыл с ним ГГ и атаковал по-разному, периодически проверяя наличие бездельников снаружи. То есть видимость/слышимость другими НПС заведомо исключена. Тем не менее при описанных выше условиях начинается бой. Дополнительная проверка с того же сейва: отодвигаем Кастиго к стене, ГГ - снаружи к стене, роняем взведенную гранату, меняемся местами - труп и боя нет. Вывод - никто, кроме жертвы, ничего не видит и не слышит, значит тревогу поднимает именно жертва.

В смысле способа атаки наиболее показательным оказался следующий опыт.
Вокруг НПС и цепочкой от него к двери "роняются" не взведенные гранаты. ГГ становится дальше 8 метров от НПС и на виду у него "роняет" взведнную гранату, после чего отбегает в сторону, но продолжая при этом оставаться в поле зрения НПС. Граната взрывается, детонируют гранаты из цепочки и вокруг НПС, результат - труп без боя.
После загрузки сейва, сделанного непосредственно до роняния взведенной гранаты, одна из гранат цепочки изымается и помещается примерно в то же место, но не ронянием, а выбрасыванием из кармана. Далее при любом способе начала детонации (роняние или бросание взведенной гранаты в поле зрения НПС или вне его, установка радиовзрывчатки за закрытой дверью с последующим открыванием двери и дистанционным подрывом и т.п.) начинается бой.

Для иллюстрации - сейв за доли секунды до "тихого" подрыва Кастиго и Переса.
https://www.sendspace.com/file/0uo69s

Ну и один из побочных результатов.
http://images.vfl.ru/ii/1442615824/0867ee79/9929420.png

В целях экономии времени буду стараться помечать утверждения: (?) - почти уверен, но допускаю, что не совсем так; (??) - есть наметки, но недостаточные для обоснованного предположения; (???) - чистая фантазия, надо проверять. Ставить буду непосредственно после утверждений; если в начале абзаца, значит относится ко всему абзацу.
Упоминаю везде только ГГ, ибо разбирался, играя в одиночку, но здравый смысл подсказывает, что проверка равным образом касается и других членов команды (персонажей, управляемых в момент проверки игроком).

1. Проверка условий производится сразу после первой потенциально опасной атаки на жертву, либо в момент индивидуального озлобления жертвы.

1.1. Потенциально опасная атака (ПОА) - действие ГГ, которое по расчетам игры неизбежно повлечет попадание в жертву пули/осколка/взрывной волны/чего-там-еще-в-игре-может-воздействовать-на-тушку. Разные ПОА считаются свершившимися в разные моменты времени:
- выстрел - после покидания пулей (гранатой) ствола, в том числе при холостом выстреле, когда, насколько я понял, пуля тоже подразумевается, но просто наносит нулевой урон (интересно, как с рикошетами?);
- бросок ножа - после отрыва от руки;
- бросок взведенной гранаты (другой взрывчатки) из рук (желтая траектория прицеливания) и из карманов/рук/инвентаря (зеленая), в том числе перекладыванием из окна инвентаря в окно земли (интересно, как с рядом лежащим трупом?), если приземление прогнозируется в радиусе 8 метров от жертвы и с причинением вреда от взрыва жертве (?) - после отрыва от руки, а в остальных случаях - после причинения вреда жертве взрывом;
- бросок не взведенной гранаты (другой взрывчатки) из карманов/рук/инвентаря (зеленая траектория прицеливания), в том числе перекладыванием из окна инвентаря в окно земли - в момент детонации (а есть ли вообще еще какие-либо возможности их подрыва без взятия в руки?);
- установка взрывчатки в радиусе 8 метров от жертвы - после окончания установки;
- удар ножом/штыком/рукой/предметом - в момент попадания.

1.2. Индивидуальным озлоблением жертвы (ИОЖ) назвал ситуацию, когда жертва агрится отдельно от охраны и независимо от нее. Провоцируется следующими действиями:
- зацеливанием жертвы и удержанием оружия наизготовку или взятием наизготовку и поворотом в сторону жертвы, в обоих случаях жертва несколько раз просит прекратить, потом агрится;
- стрельбой в непосредственной близости от жертвы - жертва агрится после нескольких выстрелов, при этом когда просит прекратить стрельбу, а когда нет;
- выстрелом, броском ножа, ударом ножа/штыка/руки/предмета, которые попали, но не привели к мгновенной смерти;
- броском или ронянием взведенной гранаты (другой взрывчатки), в том числе перекладыванием из окна инвентаря в окно земли, если приземление прогнозируется в радиусе 8 метров от жертвы и с причинением вреда от взрыва жертве (?);
- уроном жертве от взрыва гранаты (другой взрывчатки), брошенной/уроненой иным образом, но не повлекшей немедленную смерть;
- установкой взрывчатки в радиусе 8 метров от жертвы

1.3. Некоторые действия игрока не расцениваются игрой ни как ПОА, ни как ИОЖ, но могут привести к уничтожению жертвы. После таких действий проверка не происходит и в обход нее получается "тихое" убийство. Способы уже приводились (увольнение наемника, запрограммированного на нанесение ударов, шифт на уроненую гранату или заложенную взрывчатку и т.п.).

2. Проверяется видимость/слышимость ГГ для охраны за последнее время.

2.1. Охрана - общая или специальная.
2.1.1. Общая - это солдаты, полицейские, вооруженная общественность (???). Мирные не вооруженные граждане с проверкой никак не связаны, могут присутствовать, все видеть и слышать без вреда для соблюдения условий.
2.1.2. Специальная - это квестовые (??) НПС, типа индейцев у Нуньеса. Агрятся отдельно (?) и взамен (??) общей. В частности, полицейским безразлично происходящее у них на глазах убийство Нуньеса и Кастиго, как и тревога, поднимаемая индейцами в этом случае; с другой стороны индейцам безразлично убийство граждан и полицейских.

2.2. Видимость/слышимость вероятно как-то логируется. Мне признаков квантования обнаружить не удалось, то есть описанный разработчиком вариант успеть между проверками гарантированно не срабатывает. Учитывая малое время между выстрелом и попаданием в таком случае в 50% "тихое" убийство удавалось бы произвольно. Останавливаться на том, что для убийства "по-тихому" охрана должна именно НЕ видеть/слышать ГГ, полагаю излишним.
2.2.1. Стекла ботами не просматриваются (?), в целом, чтобы увидеть, должны смотреть примерно в сторону ГГ (при 90 градусах между линией взгляда и направлением на ГГ - вроде как уже не видят).
2.2.2. Гарантированно не издает шума разве что переключение типа прицеливания, остальное лень проверять. Солдаты в КК просто монстры по части слуха. В этом - первая главная не очевидная трудность "тихого" убийства доктора. Солдат у входа слышит даже передвижение ползком в кабинете у доктора, а как бы не в половине случаев - выстрел с 90% заглушением и действия с ножом. Он именно слышит, ибо даже одна открытая дверь сразу сокращает шансы незаметно зарезать доктора до нуля, корреляция однозначная. Солдат у входа в церковь слышит выстрел с глушителем в любом месте за больницей, а без глушителя - и в кабинете доктора. Индейцы наоборот глухие - из-за контейнера, где стоит Нуньес, слышат разве что выстрелы без глушителя; подтаскивал Нуньеса вплотную к деревянному разрушаемому забору в паре метров от трех бойцов и валил с глушителем или штыком - не слышат. Наиболее сильно влияют на слышимость глухие преграды (т.е. шум внутри помещения, а охрана снаружи, или наоборот) - в КК шансы убить тихо есть только внутри здания при закрытых дверях, причем дальность внутри значения не имеет, а уж снаружи мне не удалось найти не прослушиваемого места.
2.2.3. Такое впечатление, что важно само наличие глушителя, а не коэффициент заглушения. При соблюдении описанных выше условий, что при 9х19 и 90%, что при 7,62х51 и 12% результат одинаковый. Хотя для сколь-нибудь осмысленных выводов солдаты КК слишком хорошо слышат, а индейцы - слишком плохо.

2.3. Условия проверяются за МИНУТУ, непосредственно предшествующую моменту проверки. Вторая не очевидная трудность (слишком далеко от прозвучавших 3 секунд). В целом, минута прощупывается довольно уверенно как усреднение от разброса, но, поскольку как-то S/L влияет хаотически на это, а часто точно понять, когда бот перестал видеть/слышать, невозможно, уверенно и с точностью до секунды выверить не представляется возможным. Именно поэтому, во избежание казусов, для нетерпеливых в начале поста фигурирует полторы минуты (при многократных прогонах хватало в подавляющем большинстве случаев). Там же и затем же утрировано предписано замереть на все это время; на самом деле, если, к примеру, от Кастиго идти к Нуньесу шагом, потом потыкать все доступные реплики, потом взять пистолет и отойти немного, то уже и ждать нечего.

3. В результате проверки возможны три пути развития событий.

3.1. "Тихое убийство": бой не начинается вовсе - если проверка пройдена успешно и смерть жертвы наступила мгновенно от первого же воздействия.
3.2. Начинается бой персонально с жертвой, без участия охраны, - если проверка пройдена, но мгновенная смерть не наступила. Тут до конца не ясно. Как правило, можно спокойно добивать жертву, даже шуметь, и после смерти жертвы засчитывается "тихое убийство". Но иногда при добивании охрана на что-то агрится, никак не могу отловить, на что. То ли повторная проверка (но тогда по ощущениям чаще такие случаи должны быть), то ли еще какая отдельная, то ли баг.
3.3. Начинается бой против жертвы и охраны одновременно - при провале проверки - "тихое убийство" не засчитывается.

4. Загрузки игры каким-то образом прямо или опосредовано влияют на весь этот механизм. Если сохраниться незадолго до действий, а потом интенсивно загружаться, то бывает проверка не срабатывает вовсе (например от броска взведенной гранаты никто не агрится) или время "необхотимого затишья" сбивается (по истечении проверка все равно инициируется). Кроме того, вторая попытка загрузить близкое к убийству жертвы сохранение (после первой удачной) почти всегда крашит игру , после рестарта все нормально грузится (в первый раз, а во второй - опять краш).

На расстановку скобковопросов не осталось сил, как и на объяснение, почему "тихое убийство" Кастиго возможно только в обход проверки. Да честно говоря, и перечитывать уже невмочь.

1. Берём в руку нож ( хоть ГГ, хоть мерком), встаём недалеко от жертвы, сохраняемся.
2. Выходим из игры ( xD)
3. Запускаем HLA
4. Загружаем ту сохранку.
5. Безнаказанно бьём непонравившегося субъекта ножом, причём он это видит и ничего не делает.